В программе «1С:Управление нашей фирмой» начиная с версии 3.0.11 для индивидуальных предпринимателей (ИП) и организаций на упрощенной системе налогообложения (УСН) со специальной ставкой НДС 5% или 7% при формировании ссылки для получения оплаты через сервис ЮKassa из документов "Счет на оплату", "Заказ покупателя", "Расходная накладная", "Акт выполненных работ", "Прием и передача в ремонт" указывается величина и сумма налога по новым ставкам.
Больше материалов о программе — по тегу 1С:УНФ