В программе «1С:Управление нашей фирмой» начиная с версии 3.0.11 возможность допробития чека, который не был принят в ФНС, доступна только при формировании чека коррекции на основании. Появилась галочка «Чек не принят ФНС (тег 2018)». Если галочка активна, то будет пробит только чек коррекции продажи.
Больше материалов о программе — по тегу 1С:УНФ