В программе «1С:Управление нашей фирмой» начиная с версии 3.0.12 появилась возможность ограничить видимость складов для пользователей с ограниченными правами. Теперь при выборе склада в документах у пользователя не отображаются варианты, к которым у него нет доступа.
Больше материалов о программе — по тегу 1С:УНФ.